Rappel du problème
Avec le fichier suivant et la version standard de Linux Libertine :
\documentclass[14pt]{article}
\usepackage{fontspec}
\setmainfont[Numbers=OldStyle]{Linux Libertine O}
\begin{document}
\Huge
\textbf{\emph{0123456789}}
\end{document}
On obtient des chiffres erronés.

Résolution
Installons la dernière version de la police Libertinus sur notre système, et modifions notre préambule :
\documentclass{article}
\usepackage{fontspec}
\setmainfont[Numbers=OldStyle]{Libertinus Serif}
\begin{document}
\Huge
\textbf{\emph{0123456789}}
\end{document}
Le résultat est correct ! Ouf
